Karachaier kommen aus dem Gestüt Karachai in der heutigen Republik "Karachai-Tscherkessien". Die Pferde die dort gezüchtet werden, wurden lange Jahre zusammen mit den Kabardinern unter einem Namen geführt und die Rassebeschreibungen sind auch identisch. In der Kabardinerzucht werden auch weiterhin Karachaier eingesetzt und wie bei allen Gestüten wird als Zuchtort eben das Gestüt Karachai vermerkt, so dass die Bezeichnung nicht verloren geht. In der Stutbuchführung der Kabardiner werden Karachaier als Kabardiner-Karachaier eingetragen.
Außerdem gibt es auch ein Karachaier-Stutbuch, in dem keine Kabardiner eingesetzt werden dürfen, es findet also eine strickte Abgrenzung aufgrund der volksstämmigen Zugehörigkeit statt. Hier zeigt sich wie schwer die Situation im Kaukasus mit den vielen dort vorhandenen Völkern und Stämmen ist und was für eigenartige Probleme sich daraus ergeben.